대학원에는 수사(修士)과정과 박사(博士)과정이 있다.
수사과정 : 수업연한 2년
박사과정 : 수업연한 5년으로, 전기과정(2년. 상기수사과정에 해당하는)과 후기과정(3년)으로 나눠져 있다.
단, 의학, 치학 및 수의학의 박사과정(의,치,수의학부 6년의 과정 수료 후 진학)의 수업연한은 4년이다. 5년 일괄제의 박사과정, 후기 3년만의 박사과정을 설치하고 있는 대학원도 있다.
수사과정에는 강의가 개설되며 2년 동안 30학점을 취득하여야만 수료자격이 주어지고, 논문심사와 시험에 합격하여야 학위취득이 가능하다.
박사과정의 수료도 30학점 이상의 학점취득 요건이 있으나 그보다도 연구업적이 중요시되고 있으므로 연구활동과 논문의 성과로서 학위논문을 통과하여야 한다.
외국의 대학을 졸업한 유학생의 경우, 연구생, 청강생. 과목 등 이수생을 거쳐 대학원의 시험을 보는 경우도 많다.
그리고 지금까지와는 달리 1999년도까지는 대학원에 입학하기 위해 16년의 교육기간이 필요했다.
그러나 2000년부터는 학교교육에 관한 법률이 바뀌어, 16년이 되지 않아도 대학원마다 개별적인 입학심사를 통해 대학을 졸업한 것과 동등 이상의 학력이 있다고 인정한 자로, 22살(의학, 치학 또는 수의학을 이수할 박사과정을 위해 입학은 24살)이면 입학시켜도 좋다고 되어 있다.
그러나 이는 문부성이 명시한 기준이다. 앞으로 이에 기초해서 각 대학원이 각각 독자적인 기준을 정할 것으로 보이는데, 모든 대학원의 입학 자격이 지금까지에 비해 당장 완화되지는 않을 것이다. 교육기간이 16년이 되지 않는 사람은 사전에 원하는 대학원에 문의하기 바란다.

일본의 대학원에 입학할 수 있는 자는 대학을 졸업한 자, 또는 그것과 동등 이상의 학력자로 정해져 있다. 외국인유학생이 대학원에 입학하는 경우, 일반적으로는 다음과 같은 자격이 필요하다.

	수사과정
	① 대학을 졸업, 또는 졸업예정자 ② 외국의 학교교육에 있어 16년의 과정을 수료, 또는 수료예정자 ③ 해당대학원에 있어, 대학을 졸업한 자와 동등의 학력이 있다고 인정되는 자

	박사과정
	① 수사과정을 수료, 또는 수료예정자 ② 외국의 대학에 있어 수사과정과 동등이상으로 인정된 과정을 수료, 또는 수료예정자 ③ 해당대학원에 있어 수사과정을 수료하거나 동등이상의 학력이 있다고 인정되는 자

	의, 치, 수의학의 경우
	① 대학(의,치,수의학부)를 졸업, 또는 졸업예정자 ② 외국의 학교교육에 있어 18년의 과정(최종의 과정은 의학, 치학, 또는 수의학)을 수료, 또는 수료예정자 ③ 해당대학원에 있어, 의,치,수의학부 졸업과 동등의 학력이 있다고 인정되는 자

대학원은 연구생을 거쳐 입학하는 경우와 직접 시험을 보고 입학하는 경우가 있다.
이때 외국인 유학생의 경우에는 일본어실력을 중요시 평가한다.
연구생 과정을 거치는 경우 - 연구생과정 수료 후 바로 석사과정에서 공부하게 된다.
단, 반드시 입학할 수 있는 것은 아니다. 실력이 못 미쳤을 경우 입학을 못하는 경우도 있다.
직접 석사과정을 응시하는 경우 - 우선 학교의 지도 교수님을 결정해서 응시한다.



출원기간은 보편적으로 8∼10월, 12월∼2월 사이에 많이 실시되고 있으나, 학교별로 상당한 차이가 있고, 일본 국내 출원과 해외출원 기간을 달리하기도 하므로 정확한 자료를 입수하여 사전에 확인하는 절차가 필요하다.



입학시험에 관해서는 유학생이라 하여 서류 전형만으로 입학 허가를 하는 경우는 없으며, 단지 유학생만을 위한 특별 전형제도를 두고 시험과목을 1차 서류심사, 2차로는 소논문, 지망 전공과목, 외국어(영어)등으로 하여 실시하는 경우가 대다수이다.



* 국립 : 약750,000엔 정도
* 사립 : 약 980,000엔 정도
  ※ 상기의 금액은 학교마다 다를 수 있으며 평균금액을 기재한 금액

장학제도는 보편적으로 국가에서 지급하는 월49,000엔 정도가 있으며 이외에 여러 장학제단에서 지급되는 장학금이 있다.